Auburtin et sa femme passent les années de guerre 14-18 entre leur retraite de Varengeville et le pays Basque. Le peintre expose à Munich en 1914, aux Etats Unis, à San Francisco et à Buffalo en 1915, à Chicago en 1919. Il reçoit une de ses dernières commandes en Juillet 1914 pour décorer le grand escalier du Conseil d’Etat à Paris « Persée et Andromède » resté à l’état de projet. La commande est modifiée au profit de la salle des colonnes qu’il terminera en 1924.

Le dernier décor est connu, c’est un triptyque pour le siège social des Chargeurs Réunis à Paris.
Jean-Francis Auburtin s’éteint à Dieppe le 22 Mai 1930. Il est enterré dans le petit cimetière marin de Varengeville.